Apstiprinātās instrukcijas paredz, ka referenduma dienā - 20.septembrī - vēlēšanu iecirkņi balsotājiem būs atvērti no pulksten 8 līdz 20, vēlētāji balsošanai var izvēlēties jebkuru vēlēšanu iecirkni Latvijā vai ārvalstīs un balsotāja personas apliecinošs dokuments ir derīga Latvijas pilsoņa pase. Vēlēšanu iecirkņa komisijām paredzēts sākt darbu vismaz 10 dienas pirms referenduma dienas, paziņojums par vēlēšanu iecirkņu atrašanās vietu un darba laiku jāizliek redzamā vietā pie vēlēšanu iecirkņiem, kā arī pie attiecīgās domes (padomes) ēkas. No 10.septembra līdz tautas nobalsošanas dienai vēlētāji Latvijā nobalsot nevarēs, bet šajā laikā vēlēšanu iecirkņos varēs pieteikt balsošanu vēlētāju atrašanās vietā tiem, kuri veselības stāvokļa dēļ nevarēs ierasties vēlēšanu iecirknī tautas nobalsošanas dienā. Balsošanu savā atrašanās vietā var pieteikt arī šo vēlētāju kopēji. Tautas nobalsošanu vēlēšanu iecirknī būs atļauts novērot partiju pilnvarotajiem novērotājiem, CVK un attiecīgā rajona vēlēšanu komisijas locekļiem un šo komisiju pilnvarotajām personām, pilsētu, novadu vai pagastu vēlēšanu komisiju locekļiem un masu mediju pārstāvjiem. Netraucējot komisijas darbu, vienlaikus vienā iecirknī drīkstēs atrasties ne vairāk kā divi novērotāji no vienas partijas vai partiju apvienības. Tautas nobalsošanas dienā aģitācija būs aizliegta balsošanas telpās un tuvāk par 50 metriem no ieejas ēkā, kur atrodas vēlēšanu iecirknis. Aģitācijas aizliegums attiecas arī uz vēlēšanu iecirkņa komisiju darbiniekiem. Balsošanas dienā pulksten 12, 16 un 20 iecirkņa komisija apkopos un ziņos attiecīgajai pilsētas, rajona, novada vai pagasta vēlēšanu komisijai par balsotāju aktivitāti. Savukārt apstiprinātajā instrukcijā par balsošanas kārtību ārvalstīs norādīts, ka tautas nobalsošanai par Latvijas dalību Eiropas Savienībā CVK ir apstiprinājusi 38 vēlēšanu iecirkņus 29 ārvalstīs. Vēlētājiem, kuri balsošanas laikā uzturas ārvalstīs, ir divas iespējas, kā piedalīties tautas nobalsošanā - šie vēlētāji var balsot ārvalstīs izveidotajos vēlēšanu iecirkņos vai pa pastu. Balsošanas kārtība vēlēšanu iecirkņos ārvalstīs ir tāda pati kā Latvijā. Tautas nobalsošanas dienā vēlēšanu iecirkņi ārvalstīs būs atvērti no pulksten 8 līdz 20 pēc vietējā laika. Lai nobalsotu, vēlētājiem nepieciešama derīga Latvijas pilsoņa pase. Balsotājam, kurš uzturas ārvalstīs un vēlas balsot pa pastu, ne vēlāk kā četras nedēļas pirms tautas nobalsošanas dienas (līdz 22.augustam) tuvākajam vēlēšanu iecirknim ārvalstīs jānosūta rakstisks iesniegums, kurā jāinformē par savu vēlmi balsot pa pastu. Iesniegumā vēlētājam jānorāda vārds, uzvārds, personas kods un adrese, uz kuru sūtāmi tautas nobalsošanas materiāli. Iesniegumam jāpievieno arī Latvijas pilsoņa pase. Ne vēlāk kā 15 dienas pirms tautas nobalsošanas dienas vēlēšanu iecirkņa komisija uz vēlētāja iesniegumā norādīto adresi izsūtīs: tautas nobalsošanas zīmi, speciālu vēlēšanu aploksni, vēlētāja reģistrācijas lapu ar informāciju par balsošanas kārtību un kārtas numuru, ar kādu vēlētājs reģistrēts balsotāju sarakstā, un vēlētāja pasi, kurā iespiests spiedogs par piedalīšanos tautas nobalsošanā. Lai nobalsotu, vēlētājam jāizpilda tautas nobalsošanas zīme, kas jāieliek vēlēšanu aploksnē, aizlīmēta vēlēšanu aploksne kopā ar vēlētāja reģistrācijas lapu jāievieto pasta aploksnē, uz pasta aploksnes jāuzraksta savs balsotāja kārtas numurs. Vēlēšanu aploksne un pasta aploksne ar tautas nobalsošanas materiāliem jānosūta vēlēšanu iecirkņa komisijai ar tādu aprēķinu, lai vēlēšanu komisija tos saņemtu līdz tautas nobalsošanas dienai 20.septembrim. Savukārt CVK apstiprinātā instrukcija par vēlēšanu iecirkņu izveidošanas kārtību paredz, ka vēlēšanu iecirkņa komisijas tautas nobalsošanai par Latvijas dalību ES jāizveido ne vēlāk kā 20 dienas (1.septembris), bet ne agrāk kā 50 dienas (1.augusts) pirms tautas nobalsošanas dienas. Pilsētās, novados un pagastos, kur ir tikai viens vēlēšanu iecirknis, iecirkņa komisija netiek veidota, bet tās pienākumus pilda attiecīgās pilsētas, novada vai pagasta vēlēšanu komisija. Vēlēšanu iecirkņa komisijas locekļu kandidātu pieteikšanās termiņš attiecīgajai pilsētas, pagasta vai novada vēlēšanu komisijai jāizsludina ne vēlāk kā 50 dienas (1.augusts) pirms tautas nobalsošanas dienas. Republikas pilsētu vēlēšanu komisijām šāds paziņojums jāpublicē arī laikrakstā "Latvijas Vēstnesis". Tiesības izvirzīt un pieteikt savus pārstāvjus iecirkņa komisijā ir reģistrētajām partijām vai to apvienībām, ne mazāk kā desmit vēlētājiem, kā arī attiecīgās pilsētas, novada vai pagasta vēlēšanu komisijas locekļiem. Par iecirkņa komisijas locekli var pieteikt ikvienu vēlētāju, kurš prot latviešu valodu, kuram ir vismaz vidējā izglītība, kurš nav Saeimas vai attiecīgās pašvaldības deputāts vai kurš nav citas vēlēšanu komisijas vai iecirkņa komisijas loceklis. Iecirkņa komisijas locekļus ievēlē attiecīgās pilsētas, novada vai pagasta vēlēšanu komisija. Iecirkņa komisijas locekļus ievēlē ar balsu vairākumu, un par ievēlētiem uzskatāmi tie kandidāti, kas saņēmuši visvairāk balsu.