Par stāvokļa nopietnību liecina kareivja Žaņa Strautnieka atmiņas. Pirms nosūtīšanas “padzīt lietuviešus no Subates, ko viņi esot okupējuši”, 12. pulka komandieris K. Ķūķis uzrunā karavīriem “teica ļoti kareivīgu runu, no kuras palicis atmiņā rīkojums, ka jāšaujot tieši vēderā”. Nākamajā dienā Kauņā tika noslēgta vienošanās par robežlīniju (lielceļu no Subates uz Lašiem un Ilūksti), taču, kad 3. septembrī latvieši mēģināja ieņemt sev pienākošos Subates ziemeļu daļu, Lašu un Pilskalnes pagastu, vietējais lietuviešu komandieris paziņoja, ka uzskatīs akciju par kara sākumu ar Latviju. Pēc tam kad Subatē 12. Bauskas pulka karavīri izkārtojās ķēdēs un devās uzbrukumā, lietuvieši tomēr atkāpās no pilsētas. Subatē tika sagūstīts 21, citur — vēl divi lietuviešu karavīri (nākamajā dienā viņus atlaida, atdodot ieročus). Vairākas stundas vēlāk sākās apšaude, kurā krita viens (Justins Krupšaitis) un tika ievainoti divi Lietuvas armijas karavīri. Tikai pēc sarunām lietuvieši atkāpās no Subates un Pilskalnes, taču ne no Lašiem. 4. septembra naktī lietuvieši no turienes apšaudīja latviešus, un ekspansīvais pulkvedis K. Ķūķis paziņoja, ka viņš, šādam gadījumam atkārtojoties, Lašus “ar zemi sajauks”. Lietuvieši atkāpās tikai 5. septembrī. Savukārt 2. Ventspils pulks 6. septembrī ar viltu panāca lietuviešu aiziešanu no Demenes un Silenes pagasta. Taču lietuvieši joprojām ieņēma svarīgo Eglaines dzelzceļa staciju. Jautājums pilnībā atrisinājās tikai 1920. gada oktobrī, kad sākās poļu ģenerāļa Žeļigovska uzbrukums Viļņai un šī pilsēta lietuviešiem tika atņemta. Šajā situācijā Latvijas armijas virspavēlnieks J. Balodis, izmantojot apstākļus, paziņoja, ka spiests nodrošināt savas zemes drošību, ieņemot bijušo guberņas robežu. Nav šaubu, ka tas bija tikai iegansts. Ilūkstes apriņķī palikušie lietuviešu spēki nebija lieli, tāpēc viņi atkāpās uz Lietuvu bez starpgadījumiem. Vienīgi Eglainē latvieši atbrīvoja šeit lietuviešu gūstā strādājošos 22 poļu karavīrus, pret bijušajiem sargiem izturoties ļoti nicinoši.
Tā kā 1920. gada ziemā un pavasarī abām pusēm nebija izdevies panākt vienošanos par robežu, aprīlī Latvija un Lietuva lūdza Lielbritānijas diplomātiski militāro misiju iecelt šķīrējtiesnesi. Par to kļuva skotu profesors Džeimss Simpsons. Tomēr tikai 1920. gada septembra beigās Simpsona vadītā komisija sāka darbu (tajā ietilpa vienāds pārstāvju skaits no Latvijas un Lietuvas, bet Simpsonam bija izšķirīgās balss tiesības). 1921. gada martā komisija pabeidza savu darbu. Lietuvā tika iekļauta Palanga, Mažeiķu dzelzceļa mezgls un daļa Rucavas pagasta. Savukārt Lietuva vairs nedrīkstēja izteikt pretenzijas uz Ilūkstes apriņķi, Latvijā iekļāva nelielu bijušās Kauņas guberņas teritoriju dienvidos no Bauskas un Aknīstes pagastu. Kopumā Latvija Lietuvai piešķīra 283,3 kvadrātkilometrus zemes, Lietuva Latvijai — 290 kvadrātkilometru. 1921. gada 31. martā Lietuvas armija iegāja Palangā un Sventājas zvejnieku ostā. Tādējādi šeit dzīvojošie latvieši (aptuveni 16–20 tūkstoši) un — otrādi — lietuvieši Kurzemē un Zemgalē nonāca otras valsts sastāvā.