Putnu uzskaites pasākumi tiek veikti sadarbībā ar Latvijas Universitātes Bioloģijas institūta ornitologiem. Uzskaites rezultātā tiek iegūta informācija par putnu sugu un daudzuma izmaiņām ligzdošanas vietās, kā arī izvērtēta turpmāko pasākumu nepieciešamība putniem labvēlīgas vides nodrošināšanai. Ornitologu ziņojumā norādīts, ka lielāko kaitējumu ligzdojošajiem ūdensputniem rada nevis ostas saimnieciskā darbība, bet gan plēsēji, kuri izposta putnu ligzdas. Par galvenajiem vaininiekiem tiek uzskatītas ūdeles un lapsas, tomēr uz zemes ligzdojošos putnus apdraud arī plēsējputni no gaisa.
Rīgas ostu pavisam noteikti var dēvēt par “zaļāko” ostu Eiropā, jo 75 hektāri no Rīgas ostas ir aizsargājamās dabas teritorijas, kurās aizliegts veikt saimniecisko darbību. Rīgas ostā atrodas divi aizsargājamie dabas objekti - dabas liegums “Krēmeri” un “Mīlestības saliņa”, kas ir daļa no Natura 2000 iekļautā dabas parka “Piejūra”. Turklāt ostas teritorija tieši robežojas ar dabas liegumu “Daugavgrīva” un dabas liegumu “Vecdaugava”, kas arī jāievēro, plānojot ostas darbību un attīstību.
Rīgas brīvostas pārvalde rūpējas par unikālajiem biotopiem dabas liegumos, kā arī par vides saglabāšanu citās ostas teritorijās. Regulāri tiek kontrolēts, lai zaļajās zonās nenonāktu atkritumi un tās neaizaugtu ar niedrājiem un krūmiem. Par to īpaši pateicīgi ir tur mītošie putni, kas ostas teritorijā apmetas gan sezonāli, barības meklējumos, gan ligzdošanai.
