Emsis bijis LPSR (vēlāk LR) Augstākās Padomes un 6., 8. un 9. Saeimas deputāts. No 2004.gada 9.marta līdz 28. oktobrim bija Ministru prezidents, vadot labēji centrisku mazākuma valdību, ko veidoja Zaļo un zemnieku savienība, Latvijas Pirmā partija un Tautas partija.

Tāpat Emsis bija vides aizsardzības valsts ministrs un vides valsts ministrs piecu valdību sastāvā.

No 2006.gada 7.novembra līdz 2007.gada 21.augustam bija Saeimas priekšsēdētājs.

Nozaga desmit, nē, 6,5 tūkstošus dolāru

2006.gada oktobrī Emsim Ministru kabinetā pazuda portfelis ar naudu.

Sākotnēji Emsis apgalvoja, ka viņam pazuduši 10 000 ASV dolāru (4960 lati), bet, kad pie zagļa atrada tikai 6500 ASV dolāru (3224 latus), Emsis pārrakstīja iesniegumu policijai, apgalvojot, ka viņam nozagti vairs tikai 6500 dolāru.

Saistībā ar notikušo Emsis atstāja Saeimas priekšsēdētāja amatu.

Vēlāk Emsis atzinies nepatiesu liecību sniegšanā un par izdarīto noziegumu samaksājis 5040 latu lielu soda naudu.

Emsis saņemto sodu uzskatījis par bargu, bet taisnīgu, jo esot jāņem vērā, kāda līmeņa amatpersona viņš bijis. Viņš apstiprinājis arī informāciju, ka devis nepatiesu liecību par to, cik liela summa viņam nozagta no portfeļa Ministru kabineta ēkā.

Bijušais Saeimas priekšsēdis apgalvojis, ka tā rīkojies, jo nav precīzi atcerējies, cik naudas bijis, kā arī viņš ir vēlējies pasteidzināt lietas izskatīšanu tiesā.

"Jāatzīst, ka traktora iegāde, kam aizņēmos naudu, man ir nesusi vienus vienīgus zaudējumus, taču es vairs negribēju bojāt nervus," teicis Emsis.

Emsis plašāk pazīstams ar “murkšķa miegu” un “sarkano glāzi”

Interneta plašumos atrodami dažādi izteicieni, ar kuriem joprojām ir pazīstams Emsis, piemēram, pirms Latvijas kļūšanas par Eiropas Savienības dalībvalsti bijis daudz nepaveiktu un iekavētu sagatavošanās darbu, tāpēc Emsis izteicies, ka “valsts deg zilās ugunīs”.

Tāpat Emsis savulaik atzinis, ka “gulējis murkšķa miegu”.

2006.gadā, valsts proklamēšanas 88. gadadienā, Emsis, sakot uzrunu, norādījis, ka pirmo reizi Latvijas demokrātiskas attīstības vēsturē vēlētājs ir nobalsojis par parlamentāro un valdības darba pēctecību.

Vienlaikus savas uzrunas noslēgumā, kuras laikā neaizmirsa kritizēt žurnālistus, norādot "ļoti daudziem Latvijas iedzīvotājiem brīvā prese un izteiksmes brīvība radījusi nelīdzsvarotu pārliecību, ka Latvijā sliktas lietas vien notiek un ka pašreizējā valsts iekārta nekam neder”, viņš visus lūdza uz glāzi šampanieša, aicinot uz "sarkano glāzi", nevis uz Sarkano zāli.

2007.gadā Emsis bija gatavs rīkoties, tikai nav zinājis - kā

Laikā, kad jau tika spriests par Emša iespējamo atkāpšanos no Saeimas priekšsēdētāja amata, viņš medijiem norādījis: “Es joprojām esmu gatavs rīkoties tā, kā labāk būtu valstij, tikai nezinu, kā labāk.”

Arī viņa komentārs par pazudušo portfeli ar dolāriem bijis visai košs. "Tādu, kurš ir tik, sacīsim, paviršs pret saviem portfeļiem, es vairāk Saeimā nezinu nevienu. Droši vien es esmu unikāls," savulaik sacījis Emsis.

Dažus gadus vēlāk, 2009.gadā, Emsim bijis viedoklis arī par kūlas dedzināšanu. Viņš norādījis - “Latvija ir dedzinātāju tauta, un, kamēr šī tauta eksistēs, tikmēr dedzinās kūlu”.

Pēc atkāpšanās no Saeimas priekšsēdētāja amata Emsis bija satraucies par Latvijas neatkarības zaudēšanu globalizācijas procesos.

Pēc Emša domām, draudi izrietot no globalizācijas procesiem.

"Konkrētāk, no modernām neatkarības zaudēšanas tehnoloģijām. Tie vairs nav ieroči, tie vairs nav uzbrukumi nācijai kā teritoriālai vienībai. Tas ir zaudējums infrastruktūras elementos un finanšu, ekonomiskajos pašnoteikšanās faktos. Tas ir drauds latam, tas ir drauds mūsu lielajiem infrastruktūras objektiem - ostām, dzelzceļiem, enerģijas infrastruktūrai, ūdesnssaimniecībai, mežsaimniecībai, vērā ņemamajiem uzņēmumiem... Neatkarība pamazām, pa smilšu graudiņam birst laukā globālās naudas ietekmē,” viņš savulaik paudis intervijā laikrakstam “Neatkarīgā”.

2009.gadā tiek vainots ekonomikas pārkaršanā

Eiropas Parlamenta deputāts no Nacionālās apvienības Roberts Zīle 2009.gadā publiskos izteikumos norādījis, ka Latvijas ekonomikas "pārkaršana" sākās jau 2004. un 2005. gadā, kad strādāja Einara Repšes (JL) un Induļa Emša (ZZS) valdības.

Pērn Emsis kandidēja uz Latvijas Zaļās partijas valdes priekšsēdētāja amatu, taču netika ievēlēts. Ar daudz lielāku balsu skaitu uzvarēja Edgars Tavars.