Ministrijas sagatavotais valdības rīkojums paredzēja neapstiprināt LU rektora amatā Muižnieku, jo valdības ieskatā LU nav nodrošinājusi atklātu, vispārēju un pārredzamu, labiem pārvaldības principiem atbilstošu rektora vēlēšanu norisi. Organizējot tādu rektora vēlēšanu procesu, kas ir sabiedrībai nesaprotams, sasteigts un acīmredzami nepārdomāts, LU ir nodarījusi kaitējumu savai reputācijai gan vietējā, gan starptautiskā mērogā, teikts rīkojuma projektā.
IZM rīkojumā norādīja faktu, ka 24.maijā notikušajās rektora vēlēšanās 13 Satversmes sapulces dalībniekiem nebija tiesību piedalīties šajā balsojumā un pirmajā vēlēšanu kārtā tieši 13 balsis šķīra abus kandidātus, paužot, ka iespējams, prettiesiska dalība rektora vēlēšanās varētu būt ietekmējusi balsošanas rezultātu.
Tāpat neesot ticis ievērots arī tas, ka studentu padomē ir jābūt iekļautiem pārstāvjiem no universitātes 13 fakultātēm. Padomē nav tikuši iekļauti studējošo pārstāvji no universitātes aģentūrām - "Latvijas Universitātes Rīgas Medicīnas koledža" un "Latvijas Universitātes Rīgas 1.medicīnas koledža", kas nozīmē - minēto aģentūru studējošo intereses netiek pārstāvētas ne vien universitātē, bet arī Latvijas Studentu apvienībā, kas ir Augstskolu likuma pārkāpums.
Projektā arī norādīts, ka studējošo pārstāvji Satversmes sapulcē nav ievēlēti, bet gan deleģēti, kas ir pretēji Augstskolu likumā un universitātes Satversmē noteiktajam.
Kā būtisks pārkāpums tika norādīts arī uz 24.maija LU Balsu skaitīšanas komisijas priekšsēdētāja Ģirta Stinkuļa un Satversmes sapulces priekšsēdētāja Māra Kļaviņa pretrunīgajiem paziņojumiem - Stinkulis paziņojis, ka par universitātes rektoru "(..) nav ievēlēts neviens no pretendentiem un tiek noteikta vēlēšanu otrā kārta", savukārt Kļaviņš paziņojis, ka par universitātes rektoru "(..) ir ievēlēts profesors Indriķis Muižnieks".